ஆனால் இதே வைகோ ஒரு காலத்தில் நாடாளுமன்றத்தையே தெறிக்கவிட்டுக் கொண்டிருந்தது நிறையபேருக்கு தெரியாது. நாடாளுமன்றத்தில் தமிழ்நாட்டின் முகமாக இருந்தவர்; ஈழவிடுதலை, காவிரி, இந்தி எதிர்ப்பு ஆகியவற்றில் கடைசிவரை உறுதியுடன் இருந்தவர். எழுவர் விடுதலை, மாநில உரிமை, மாநில சுயாட்சிகளில் சமரசம் செய்துகொள்ளாதவர். சுதந்திர இந்தியாவின் மிகச் சிறந்த நாடாளுமன்ற உறுப்பினர்களை பட்டியலிட்டால் அதில் முதல் வரிசையில் கண்டிப்பாக இடம்பெறுபவர். 'பார்லிமென்ட் டைகர்', நாடாளுமன்ற புலி என்று அப்போதைய உறுப்பினர்கள் பலரால் அழைக்கப்பட்டவர் வைகோ.
ஈழப்பிரச்சனையில் வைகோவின் பங்கு மிக, மிக முக்கியமானது. 1984ஆம் ஆண்டு நடந்த மாநிலங்களவை கூட்டம் ஒன்றில் ஈழப்பிரச்சனை குறித்து பேசினார் வைகோ, அப்போது அவர், இலங்கைக்கு ஆயுதங்களை ஏற்றிச்சென்ற விமானத்திற்கு திருவனந்தபுரத்தில் எரிபொருள் நிரப்பப்பட்டது குறித்து கேள்வி எழுப்பினார். அதற்கு அப்போதைய பிரதமர் ராஜிவ்காந்தி, ஆயுதங்களில் இலங்கை தமிழர் என எழுதப்படவில்லை எனக்கூறினார். உடனே அதை மறுத்து பேசிய வைகோ இவ்வாறு கூறினார், "உங்கள் அம்மா இந்திரா காந்தியை துளைத்த குண்டுகளிலும்கூட இந்திராகாந்தி எனப்பெயர் எழுதப்படவில்லை". இது ராஜிவ்காந்தியை அதிர வைத்த வாதமாக இருந்தது.
1986ல் செப்டம்பர் முதல் வாரத்தை இந்தி வாரமாகக் கொண்டாட வேண்டும் என்று ராஜிவ்காந்தி அரசு சுற்றறிக்கை அனுப்பியது. இதை எதிர்த்த வைகோ அரசியல் அமைப்பு சட்டத்தின் மொழிப்பிரிவை கொளுத்தும் போராட்டத்தை நடத்தினார். முல்லை பெரியாறு அணை உயர்த்தப்படுதல், ஸ்டெர்லைட், கதிராமங்கலம், மீத்தேன் ஆகியவற்றை உறுதியாக எதிர்த்தவர். கூடங்குளம் அணுமின் நிலையம் குறித்து முதன்முதலாக அறிவிக்கப்பட்டபோதே அதை எதிர்த்தவர் வைகோ. தான் கூட்டணி கட்சியோடு இருந்தபோதும் சரி, தனது கொள்கையில் சமரசம் செய்துகொள்ளாதவர் அவர். 1989ல் மத்திய அரசுக்கும், தனது கட்சியான திமுகவிற்கும் தெரியாமல் இலங்கைக்கு சென்று ஈழத்தலைவர் பிரபாகரனை சந்தித்தார். அது அப்போது மிகுந்த பரபரப்பை ஏற்படுத்தியது.
சங்கர் தயாள் சர்மா துணை குடியரசுத்தலைவர் ஆன பிறகு முதன்முதலாக மாநிலங்களவைக்கு வருகிறார். ஈழத்திற்கு அமைதிப்படை போயிருந்த நேரம், திலீபன் இறந்திருந்த நேரம், யுத்தம் ஆரம்பமாகியிருந்த நேரம். சபை கூடுகிறது... சங்கர்தயாள் வந்து உட்காருகிறார், கேள்வி நேரம் தொடங்குகிறது, வைகோ அவர்களை பேசவிடவில்லை. எங்கள் மக்கள் கொல்லப்படுகிறார்கள், ஈழத்தில் தமிழர்கள் கொல்லப்படுகின்றனர் என மிகுந்த வேகத்துடன் பேசுகிறார். இருந்தும் அவரை பேசவிடாமல் சங்கர் தயாள் கேள்வி எண்ணை சொல்லிக்கொண்டே இருக்கிறார். கேள்வி நேரம் முடியட்டும் என்று கூறிக்கொண்டே இருக்கிறார். அப்போது வைகோ, "எங்கள் மக்கள் அங்கு கொல்லப்படுகின்றனர், அவர்களின் வாழ்க்கையே கேள்விக்குறி ஆகிக்கொண்டிருக்கிறது ஆனால் நீங்கள் இங்கு கேள்வி நேரத்தைப் பற்றி பேசிக்கொண்டிருக்கிறீர்கள். எனக்கு இந்த கேள்வி நேரத்தைப்பற்றி அக்கறையில்லை" எனக் கூறினார். இதனால் கோபமடைந்த அவர் வைகோவை அவையிலிருந்து வெளியேற்றினார். பின்னாளில் அதே சங்கர் தயாள் சர்மா வைகோவின் நாடாளுமன்ற பேச்சுகளால் கவரப்பட்டு மிகுந்த அன்பு பாராட்டினார்.
அண்ணாவிற்கு அடுத்து மாநில சுயாட்சிக்காகவும், மாநில உரிமைகளுக்காகவும் நாடாளுமன்றத்தில் குரல் கொடுத்தவர்களில் வைகோவும் ஒருவர். அண்ணாவிற்கு நான் இருந்ததுபோல, எனக்கு என் தம்பி கோபால்சாமி என கலைஞரால் புகழப்பட்டவர், திமுகவின் போர்வாளாகவும், டெல்லியில் தமிழ்நாட்டின் முகமாகவும், திமுகவின் முகமாகவும் இருந்தவர். இவையனைத்திற்கும்மேல்... தற்போதைய நிலையில் அடுத்தவர்களை கொளுத்தியாவது அவர் இடத்திற்கு செல்லவேண்டும் என நினைக்கும் அரசியல்வாதிகள் இருக்க, அன்று வைகோவை திமுகவிலிருந்து நீக்கியபோது 5 பேர் தீ குளித்தனர். கட்சியிலும் தொண்டர்கள் மத்தியிலும் அவ்வளவு செல்வாக்கு பெற்றிருந்தவர்.
மீண்டும் நாடாளுமன்றத்தில் அவரது குரல் ஒலிக்கப்போகிறது... வைகோ முதன்முதலாக நாடாளுமன்றத்திற்கு செல்வதற்குமுன்பு ஒரு உறுதிமொழி எடுத்துக்கொண்டதாக அவர் கூறியுள்ளார், அது இதுதான்... "நமக்காக பேச நாதியில்லை என யார், யார் இந்த நாட்டிலே கவலைப்படுகிறார்களோ, நம் ஓலக்குரலை எடுத்துச் சொல்வதற்கு ஒருவருமில்லை என வேதனைப்படுகிறார்களோ, ஆதரவற்றவர்களாக, திக்கற்றவர்களாக எவரெல்லாம் துன்பப்படுகிறார்களோ அவர்களுக்காக நான் நாடாளுமன்றத்தில் பேசுவேன்..."