இந்த நிலையில் பாதிரியார் ஜார்ஜ் பொன்னையா மீது காவல்துறைக்கு புகார் வந்ததையடுத்து, அவர் மீது 7 பிரிவுகளின் கீழ் வழக்குப்பதிவு செய்தனர். இந்த தகவலை அறிந்த ஜார்ஜ் பொன்னையா தலைமறைவானார். இதையடுத்து, காவல்துறை ஐந்து தனிப்படைகளை அமைத்து தேடி வந்த நிலையில் மதுரை அருகே ஜார்ஜ் பொன்னையா கைது செய்யப்பட்டார். பின்னர், குழித்துறை குற்றவியல் நீதிமன்றத்தில் அவரை காவல்துறையினர் ஆஜர்படுத்தினர். இதையடுத்து, 15 நாள் நீதிமன்ற காவலில் சிறையில் அடைக்க நீதிபதி உத்தரவிட்டார்.
அதைத் தொடர்ந்து பாதிரியார் ஜார்ஜ் பொன்னையாவை பாளையங்கோட்டை சிறையில் அடைத்தனர் காவல்துறையினர்.