இதையடுத்து, இந்த மனுவை விசாரித்த வாரணாசி மாவட்ட நீதிமன்றம், ஞானவாபி மசூதியில் ஆய்வு மேற்கொள்ள அனுமதி அளித்து இருந்தது. அதன்படி காலை 8 மணி முதல் பகல் 12 மணி வரை மட்டுமே தொல்லியல் நிறுவனம் ஆய்வு மேற்கொள்ள வேண்டும் என நிபந்தனை விதித்துள்ள நீதிமன்றம், ஞானவாபி மசூதியில் தொழுகை நடத்த எந்தத் தடையும் இதனால் ஏற்படக்கூடாது எனத் தெரிவித்து இருந்தது. மசூதி முழுவதிலும் ஆய்வு மேற்கொள்ள இந்தியத் தொல்லியல் ஆய்வு நிறுவனத்திற்கு அனுமதி அளித்திருந்தது. மேலும், தடய அறிவியல் ஆய்வறிக்கையை கடந்த ஆண்டு ஆகஸ்ட் 4 ஆம் தேதிக்கு முன் வாரணாசி மாவட்ட நீதிமன்றத்தில் தாக்கல் செய்ய வழக்கை விசாரித்த நீதிபதி உத்தரவிட்டு இருந்தார்.
இந்த உத்தரவை எதிர்த்து இஸ்லாமிய அமைப்புகள் சார்பில் உச்ச நீதிமன்றத்தில் மனு தாக்கல் செய்யப்பட்டு இருந்தது. இதனையடுத்து, ஞானவாபி மசூதியில் ஆய்வுப் பணிகளை மேற்கொள்ள இந்தியத் தொல்லியல் துறைக்கு இடைக்காலத்தடை விதித்து உச்சநீதிமன்றம் உத்தரவிட்டு இருந்தது. மேலும், வாரணாசி நீதிமன்ற உத்தரவை எதிர்த்து அலகாபாத் நீதிமன்றத்தை நாட உச்சநீதிமன்றம் மனுதாரர்களுக்கு அறிவுறுத்தி இருந்தது.
உச்சநீதிமன்ற அறிவுறுத்தலின் படி அலகாபாத் உயர் நீதிமன்றத்தில், ஞானவாபி மசூதியில் ஆய்வுக்கு அனுமதிக்கக் கூடாது என்று இஸ்லாமிய அமைப்பின் சார்பில் மனு தாக்கல் செய்யப்பட்டது. இந்த மனு விசாரணைக்கு வந்த போது, ஞானவாபி மசூதியில் ஆய்வு நடத்த நீதிமன்றம் அனுமதி அளித்ததுடன், மசூதியில் ஆய்வுக்கு அனுமதிக்கக் கூடாது என்ற இஸ்லாமிய அமைப்பு கோரிய மனுவைத் தள்ளுபடி செய்து உத்தரவிட்டது.
இதனிடையே, ஞானவாபி மசூதியில் ஆய்வு நடத்த தொல்லியல் துறைக்கு அனுமதி அளித்ததன் அடிப்படையில், தொல்லியல் துறை ஆய்வாளர்கள் வாரணாசி நீதிமன்றத்தில் அறிக்கை ஒன்றைத் தாக்கல் செய்தனர். அந்த அறிக்கையில், ஞானவாபி மசூதியில் 55 இந்து தெய்வ சிற்பங்கள் கண்டறியப்பட்டதாக விவரிக்கப்பட்டிருந்தது. இது பெரும் பரபரப்பை ஏற்படுத்தியிருந்தது.
இதனையடுத்து, இது தொடர்பான வழக்கு கடந்த மாதம் 31ஆம் தேதி அன்று, வாரணாசி மாவட்ட நீதிபதி அஜய கிருஷ்ண விஷ்வேஷா முன்பு விசாரணைக்கு வந்தது. அப்போது, ஞானவாபி மசூதியின் தெற்கு பகுதியில் இந்துக்கள் வழிபாடு நடத்தலாம் என அதிரடி உத்தரவை பிறப்பித்தார். மேலும், அங்கு வழிபாடு நடத்துவதற்காக அர்ச்சகரை நியமிக்க காசி விஸ்வநாதர் அறக்கட்டளைக்கு உத்தரவிட்டார். வாரணாசி நீதிமன்றத்தின் இந்த தீர்ப்பை எதிர்த்து ஞானவாபி மசூதி நிர்வாகம் சார்பில், அலகாபாத் நீதிமன்றத்தில் மேல்முறையீடு செய்தது. இந்த மேல்முறையீட்டு மனு மீதான விசாரணை கடந்த 26ஆம் தேதி நீதிபதி ரஞ்சன் அகர்வால் முன்பு வந்தது. அப்போது, ஞானவாபி மசூதி நிர்வாகம் அளித்த மேல்முறையீட்டு மனுவை தள்ளுபடி செய்து, பாதாள அறையில் இந்துக்கள் தொடர்ந்து வழிபாடு செய்ய அனுமதி வழங்கி நீதிமன்றம் உத்தரவிட்டது.
இந்த சூழ்நிலையில், கடந்த ஜனவரி மாதம் 31ஆம் தேதி அன்று ஞானவாபி மசூதிக்குள் இந்துக்கள் வழிபட அனுமதியளித்த வாரணாசி மாவட்ட நீதிபதிக்கு, மாநில அரசு அதிகாரியாக உத்திரப்பிரதேச அரசு பணி நியமனம் வழங்கியுள்ளது. வாரணாசி மாவட்ட நீதிபதியாக அஜய கிருஷ்ண விஷ்வேஷா பொறுப்பு வகித்து வந்தார். இவர், ஓய்வு பெறும் கடைசி நாளில்தான், ஞானவாபி மசூதிக்குள் இந்துக்கள் வழிபாடு செய்யலாம் என்ற பரபரப்பு தீர்ப்பை வழங்கியிருந்தார். இந்த நிலையில், ஓய்வு பெற்ற நீதிபதி அஜய கிருஷ்ண விஷ்வேஷா, உத்தரபிரதேச மாநில அரசின் கீழ் இயங்கும் பல்கலைக்கழகத்தின் குறைதீர் அதிகாரியாக (ombudsman) நியமனம் செய்யப்பட்டுள்ளார்.