முல்லைப் பெரியாறு அணையின் நீர் மட்டத்தை குறைக்க வேண்டும் என்று உச்ச நீதிமன்றத்தில் வழக்கு தொடரப்பட்டுள்ளது. இந்த வழக்கிற்கு தமிழக அரசு சார்பில் பதில் மனு தாக்கல் செய்யப்பட்டது. அந்த அறிக்கையில், கேரளாவில் ஏற்பட்ட வெள்ளத்திற்கு பெரியாறு அணை காரணமல்ல, கேரளாவில் பெய்த கனமழையால்தான் வெள்ளப்பெருக்கு ஏற்பட்டுள்ளது. அணையில் 152 அடி நீரை தேக்கி வைக்க பலம் உள்ளது. இதனால் அணையின் நீர்மட்டத்தை குறைக்க தேவையில்லை என்று தெரிவித்துள்ளது.